MASAMUNE-弐 ユーザーマニュアル

システムの使用方法やマニュアルの内容に問題等ございましたら、ご報告いただければ幸いです。

Contents:

• 1. ログイン方法
  • 1.1. 接続先ホスト名一覧
  • 1.2. SSH公開鍵の登録
  • 1.3. サーバへのログイン手順
  • 1.4. SSHリレーサーバの操作方法
  • 1.5. （参考）Tera TermでのSSHサーバへのログイン手順（Windows）
  • 1.6. （参考）WinSCPでのファイル転送方法（Windows）
• 2. ストレージの構成と使用方法
  • 2.1. ストレージの構成
  • 2.2. /home使用状況の確認方法
• 3. ジョブの投入・管理
  • 3.1. ジョブの投入コマンド（qsubコマンド）
  • 3.2. 実行スクリプトの書式
  • 3.3. インタラクティブモード
  • 3.4. 共有キューへのジョブ投入方法
  • 3.5. ジョブ管理コマンド
  • 3.6. ノード時間消費と消費時間確認コマンド
  • 3.7. MPIジョブの実行方法
  • 3.8. キュー一覧
• 4. コンパイラ・ライブラリ使用方法
  • 4.1. Intelコンパイラ
  • 4.2. NVIDIA HPCコンパイラ
  • 4.3. CUDA toolkit
  • 4.4. GNUコンパイラとOpenMPI
  • 4.5. ライブラリ使用方法
• 5. アプリケーション使用方法
  • 5.1. アプリケーション一覧
  • 5.2. Gaussian
  • 5.3. GaussView 6
  • 5.4. AVS/Express Developer
  • 5.5. Materials Studio
  • 5.6. CRYSTAL17
  • 5.7. VASP 5
  • 5.8. VASP 6
  • 5.9. WIEN2k
  • 5.10. ADF
  • 5.11. ADF GUI
  • 5.12. SIESTA
  • 5.13. ABINIT
  • 5.14. CPMD
  • 5.15. QUANTUM ESPRESSO
  • 5.16. LAMMPS
  • 5.17. CP2K
  • 5.18. Wannier90
  • 5.19. GROMACS
  • 5.20. TOMBO
  • 5.21. OpenMX
  • 5.22. SALMON
  • 5.23. SMASH
  • 5.24. ELK
  • 5.25. ALAMODE
  • 5.26. XCrySDen
  • 5.27. Keras
  • 5.28. TensorFlow
  • 5.29. PyTorch
  • 5.30. 日本語対応TeX
• 6. Python使用方法
  • 6.1. Pythonの利用について
  • 6.2. 前システムのpyenv環境の退避
  • 6.3. pyenv環境の構築
  • 6.4. 環境変数の設定
  • 6.5. 動作確認
  • 6.6. 基本的な使い方
  • 6.7. 実行方法
• 7. CCMS JupyterLab 操作マニュアル
  • 7.1. 環境接続手順
  • 7.2. ログイン方法
  • 7.3. JupyterLab 操作方法
  • 7.4. Conda 環境作成方法