5.16. LAMMPS¶
以下のバージョンが利用可能です。
バージョン |
実行モジュールのパス |
実行キュー |
|---|---|---|
29 AUG 2024 |
/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_cpu/src/lmp_mpi |
P_030 TP_002 MP_001 CP_001 DP_002 S_001 CS_001 |
29 AUG 2024 パッケージ追加版 |
/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024v2_cpu/src/lmp_intel_omp |
同上 |
22 JUL 2025 |
/work/app/LAMMPS/lammps-22Jul2025_cpu/src/lmp_intel_omp |
同上 |
注意
実行時には以下を実行してください。
29 AUG 2024の場合：
module load oneapi/2025.0.1
29 AUG 2024パッケージ追加版、22 JUL 2025の場合：
module load oneapi/2023.2.0
注意
導入されているパッケージは make package-status コマンドでご確認ください。
バージョン |
実行モジュールのパス |
実行キュー |
|---|---|---|
29 AUG 2024 |
/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_gpu/build/lmp_gpu |
A_002 CA_001 DA_002 |
29 AUG 2024 パッケージ追加版 |
/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024v2_gpu/src/lmp_gpu |
同上 |
29 AUG 2024 kokkos版 |
/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024kokkos_gpu/src/lmp_kokkos_ompi |
同上 |
22 JUL 2025 |
/work/app/LAMMPS/lammps-22Jul2025_gpu/src/lmp_gpu |
同上 |
22 JUL 2025 kokkos版 |
/work/app/LAMMPS/lammps-22Jul2025kokkos_gpu/src/lmp_kokkos_ompi |
同上 |
注意
実行時には以下を実行してください。
29 AUG 2024の場合：
module load oneapi/2025.0.1
module load cuda/12.8
29 AUG 2024パッケージ追加版、22 JUL 2025の場合：
module load nvhpc-nompi/25.3
module load oneapi/2024.2.1
29 AUG 2024 kokkos版、22 JUL 2025 kokkos版の場合：
module load openmpi/4.1.8_gpu
注意
導入されているパッケージは make package-status コマンドでご確認ください。
ジョブ投入用スクリプト
・大規模並列計算サーバ
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名
module load oneapi/2025.0.1 2> /dev/null
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_cpu/src/lmp_mpi < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル
・アクセラレータ搭載サーバ
#!/bin/sh
#PBS -l select=1[:ncpus=CPU数][:ngpus=GPU数][:mem=メモリ容量]
#PBS -q CA_001
#PBS -N ジョブ名
module load oneapi/2025.0.1 2> /dev/null
module load cuda/12.8 2> /dev/null
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_gpu/build/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu ノードあたりの利用GPU数 < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル
使用例
・大規模並列計算サーバ
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_030
#PBS -N lammps
module load oneapi/2025.0.1 2> /dev/null
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpirun -np 112 -ppn 112 -hostfile $PBS_NODEFILE /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_cpu/src/lmp_mpi < in.lj > lammps.out 2> lammps.err
・アクセラレータ搭載サーバ
#!/bin/sh
#PBS -l select=1:ncpus=16:ngpus=2:mem=160gb
#PBS -q CA_001
#PBS -N lammps
module load oneapi/2025.0.1 2> /dev/null
module load cuda/12.8 2> /dev/null
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpirun -np 16 -ppn 16 -hostfile $PBS_NODEFILE /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_gpu/build/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu 2 < in.lj > lammps.out 2> lammps.err
・アクセラレータ搭載サーバ（kokkos版）
#!/bin/sh
#PBS -l select=1:ncpus=2:ngpus=2:mem=32gb
#PBS -q CA_001
#PBS -N lammps
module load openmpi/4.1.8_gpu
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpirun -np 2 -N 2 -hostfile $PBS_NODEFILE --oversubscribe /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024kokkos_gpu/src/lmp_kokkos_cuda_ompi -k on g 2 -sf kk < in.lj > lammps.out 2> lammps.err