5.16. LAMMPS

以下のバージョンが利用可能です。

大規模並列計算サーバ

バージョン	実行モジュールのパス	実行キュー
29 AUG 2024	/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_cpu/src/lmp_mpi	P_030 TP_002 MP_001 CP_001 DP_002 S_001 CS_001
29 AUG 2024 パッケージ追加版	/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024v2_cpu/src/lmp_intel_omp	同上

注意

実行時には以下を実行してください。

module load oneapi/2025.0.1

注意

導入されているパッケージは make package-status コマンドでご確認ください。

アクセラレータ搭載サーバ

バージョン	実行モジュールのパス	実行キュー
29 AUG 2024	/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_gpu/build/lmp_gpu	A_002 CA_001 DA_002
29 AUG 2024 パッケージ追加版	/work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024v2_gpu/src/lmp_gpu	同上

注意

実行時には以下を実行してください。

module load oneapi/2025.0.1

module load cuda/12.8

注意

導入されているパッケージは make package-status コマンドでご確認ください。

• ジョブ投入用スクリプト

・大規模並列計算サーバ

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module load oneapi/2025.0.1 2> /dev/null

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_cpu/src/lmp_mpi  < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

・アクセラレータ搭載サーバ

#!/bin/sh
#PBS -l select=1[:ncpus=CPU数][:ngpus=GPU数]
#PBS -q CA_001
#PBS -N ジョブ名

module load oneapi/2025.0.1 2> /dev/null
module load cuda/12.8 2> /dev/null

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_gpu/build/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu ノードあたりの利用GPU数 < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

• 使用例

・大規模並列計算サーバ

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_030
#PBS -N lammps

module load oneapi/2025.0.1 2> /dev/null

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpirun -np 112 -ppn 112 -hostfile $PBS_NODEFILE /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_cpu/src/lmp_mpi  < in.lj > lammps.out 2> lammps.err

・アクセラレータ搭載サーバ

#!/bin/sh
#PBS -l select=1:ncpus=2:ngpus=2
#PBS -q CA_001
#PBS -N lammps

module load oneapi/2025.0.1 2> /dev/null
module load cuda/12.8 2> /dev/null

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpirun -np 2 -ppn 2 -hostfile $PBS_NODEFILE /work/app/LAMMPS/lammps-29Aug2024_gpu/build/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu 2 < in.lj > lammps.out 2> lammps.err