5.2. Gaussian¶
以下のバージョンが利用可能です。
バージョン |
環境設定方法 |
実行キュー |
|---|---|---|
C.02(CPU) |
source /work/app/Gaussian/C.02/g16.profile |
P_030 TP_002 MP_001 CP_001 DP_002 S_001 CS_001 |
C.02(GPU) |
source /work/app/Gaussian/C.02_gpu/g16.profile |
A_002 CA_001 DA_002 |
/work に作成したディレクトリにGaussian 16の入力ファイル(XXX.com)を準備します。 ヘキサカルボニルクロニウムの構造最適化を行なう入力ファイルが以下にありますので、ご覧くださ い。この入力ファイルではHartree-Fock法を用い、3-21G基底で構造最適化計算を行います。
(例)
$ ls -l /work/app/Gaussian/example.com
-rw-r--r-- 1 root root 420 Jul 12 16:33 /work/app/Gaussian/example.com
・並列数の指定(CPU版)
以下は112コアを使用する例です。
入力ファイルでの指定例
%CPU=0-111 %Chk=/work/scratch/userID/example_app.chk
・並列数の指定(GPU版)
GPUを利用するためには、コア数、GPU数を指定する必要があります。 以下は112コア、8GPUを使用する例です。
入力ファイルでの指定例
%CPU=0-111 %GPUCPU=0-7=0-3,56-59
環境変数での指定例
export GAUSS_CDEF="0-111" export GAUSS_GDEF="0-7=0-3,56-59"
全ての計算に対して有効なわけではございませんので、途中結果の確認や経過時間上限の設定などをご検討ください。
以下のページもご覧ください。
・一時ファイル出力先の設定
/work/scratch 以下にご自身のアカウント名でディレクトリを作成してください。 入力ファイルには下記のように記述し、一時ファイルの出力先を指定します。
- (例)
%CPU=0-111
%Chk=/work/scratch/userID/example_app.chk
ジョブ投入用スクリプト
・CPU版
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名
export g16root=/work/app/Gaussian/C.02
source ${g16root}/g16.profile
cd $PBS_O_WORKDIR
g16 入力ファイル 2> エラー出力ファイル
・GPU版
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名
export g16root=/work/app/Gaussian/C.02_gpu
source ${g16root}/g16.profile
cd $PBS_O_WORKDIR
g16 入力ファイル 2> エラー出力ファイル
使用例
・CPU版
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_030
#PBS -N g16
export g16root=/work/app/Gaussian/C.02
source ${g16root}/g16.profile
cd $PBS_O_WORKDIR
g16 test0000.com 2> g16.err
・GPU版
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_002
#PBS -N g16
export g16root=/work/app/Gaussian/C.02_gpu
source ${g16root}/g16.profile
cd $PBS_O_WORKDIR
g16 test0000.com 2> g16.err