5.19. GROMACS

以下のバージョンが利用可能です。

大規模並列計算サーバ

バージョン	実行モジュールのパス	実行キュー
2025.4	/work/app/GROMACS/gromacs-2025.4_cpu/bin/gmx_mpi	P_030 TP_002 MP_001 CP_001 DP_002 S_001 CS_001

注意

実行時には以下を実行してください。

module load oneapi/2025.0.1

アクセラレータ搭載サーバ

バージョン	実行モジュールのパス	実行キュー
2025.4	/work/app/GROMACS/gromacs-2025.4_gpu/bin/gmx_mpi	A_002 CA_001 DA_002

注意

実行時には以下を実行してください。

module load oneapi/2025.0.1

module load cuda/12.8

• ジョブ投入用スクリプト

・大規模並列計算サーバ

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module -s load oneapi/2025.0.1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

source /work/app/GROMACS/gromacs-2025.4_cpu/bin/GMXRC.bash
mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE gmx_mpi mdrun 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

・アクセラレータ搭載サーバ

#!/bin/sh
#PBS -l select=1[:ncpus=CPU数][:ngpus=GPU数][:mem=メモリ容量]
#PBS -q CA_001
#PBS -N ジョブ名

module -s load oneapi/2025.0.1
module -s load cuda/12.8

cd ${PBS_O_WORKDIR}

source /work/app/GROMACS/gromacs-2025.4_gpu/bin/GMXRC.bash
mpirun [ -np 並列数 ] [ -N ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE gmx_mpi mdrun  入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

• 使用例

・大規模並列計算サーバ

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_030
#PBS -N gromacs

module -s load oneapi/2025.0.1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

source /work/app/GROMACS/gromacs-2025.4_cpu/bin/GMXRC.bash
mpirun -np 112 -ppn 112 -hostfile $PBS_NODEFILE gmx_mpi mdrun -s input.tpr > gromacs.out 2> gromacs.err

・アクセラレータ搭載サーバ

#!/bin/sh
#PBS -l select=1:ncpus=2:ngpus=2:mem=32gb
#PBS -q CA_001
#PBS -N gromacs

module -s load oneapi/2025.0.1
module -s load cuda/12.8

cd ${PBS_O_WORKDIR}

source /work/app/GROMACS/gromacs-2025.4_gpu/bin/GMXRC.bash
mpirun -np 2 -ppn 2 -hostfile $PBS_NODEFILE gmx_mpi mdrun -s input.tpr > gromacs.out 2> gromacs.err