WIEN2k

WIEN2kを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

重要

WIEN2kはライセンスをお持ちでない方は利用できません。利用希望者はこちらまでその旨お問合せ下さい。
ライセンスを当センターにて確認させて頂いた後利用可能となります。

以下のバージョンが利用可能です。

バージョン	実行モジュールのパス
17.1	/work/app/WIEN2k/current
18.2	/work/app/WIEN2k/WIEN2k_18.2
19.1	/work/app/WIEN2k/WIEN2k_19.1
19.2	/work/app/WIEN2k/WIEN2k_19.2
21.1	/work/app/WIEN2k/WIEN2k_21.1
23.2	/work/app/WIEN2k/WIEN2k_23.2

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

export SCRATCH=$WORKDIR/$DIRNAME
export TMPDIR=$WORKDIR/$DIRNAME
export WIENROOT=/work/app/WIEN2k/current
export PATH=$WIENROOT:$PATH
module load intel

aprun -b -d並列数 -j 1 --cc depth wien2k実行スクリプト オプションパラメータ > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N wien2k

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

export SCRATCH=$WORKDIR/$DIRNAME
export TMPDIR=$WORKDIR/$DIRNAME 
export WIENROOT=/work/app/WIEN2k/current
export PATH=$WIENROOT:$PATH
module load intel

aprun -b -d 36 -j 1 --cc depth run_lapw -p -cc 0.0001 -NI > wien2k.out 2> wien2k.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

並列実行させるには、実行スクリプトの中で-pオプションを指定し、.machinesファイルを実行ディレクトリに用意します。

例）

$ cat .machines
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
granularity:1
extrafine:1

以下のバージョンが利用可能です。

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バージョン19.2を使用する場合は、「intel 19.0.1」へ切り替えてください。

バージョン	実行モジュールのパス	実行キュー
17.1	/usr/local/app/WIEN2k/current	C_002 C_004
19.1	/usr/local/app/WIEN2k/WIEN2k_19.1	C_002 C_004
19.2	/usr/local/app/WIEN2k/WIEN2k_19.2 *「intel 19.0.1」へ切り替えてください	C_002 C_004

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME
export SCRATCH=$WORKDIR/$DIRNAME 
export TMPDIR=$WORKDIR/$DIRNAME
export WIENROOT=/usr/local/app/WIEN2k/current
export PATH=$WIENROOT:$PATH

wien2k実行スクリプト オプションパラメータ > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）並列計算・インフォマティクスサーバへの投入

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N wien2k

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME
export SCRATCH=${PBS_O_WORKDIR}
export TMPDIR=$WORKDIR/$DIRNAME
export WIENROOT=/usr/local/app/WIEN2k/current
export PATH=$WIENROOT:$PATH

run_lapw -p -cc 0.0001 -NI > wien2k.out 2> wien2k.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

並列実行させるには、実行スクリプトの中で-pオプションを指定し、.machinesファイルを実行ディレクトリに用意します。

$ cat .machines
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
1:localhost
granularity:1
extrafine:1

以下のバージョンが利用可能です。

バージョン	実行モジュールのパス
17.1	/usr/local/app/WIEN2k/current
19.1	/usr/local/app/WIEN2k/WIEN2k_19.1

以下のコマンドを実行します。

export SCRATCH=/work-nfs/$USER/scratch
export WIENROOT=/usr/local/app/WIEN2k/current
export PATH=$WIENROOT:$PATH

wien2k実行スクリプト オプションパラメータ

例）

export SCRATCH=/work/$USER/scratch
export WIENROOT=/usr/local/app/WIEN2k/current
export PATH=$WIENROOT:$PATH

run_lapw -cc 0.0001 -NI

WIEN2k

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