VASP

VASPを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ
• アクセラレータサーバ
• 並列計算・インフォマティクスサーバ
• 仮想サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

Wannier90をリンクした以下のバージョンのVASPも利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun [ -n 並列数 ] [ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/VASP5/current/bin/vasp_std > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N vasp

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/VASP5/current/bin/vasp_std > vasp.out 2> vasp.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のバージョンが利用可能です。

Wannier90をリンクしたVASP 6.1.1およびVASP 6.1.2も利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/VASP5/current/bin/vasp_gpu > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）アクセラレータサーバへの投入

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N vasp

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 10 -ppn 10 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/VASP5/current/bin/vasp_gpu  > vasp.out 2> vasp.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）アクセラレータサーバへの投入(VASP6.2.1 OpenACC+Standard版)

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N vasp

module switch cudatoolkit/9.0.176 cudatoolkit/10.2.89
module load nvhpc

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/nvidia/hpc_sdk/Linux_x86_64/20.9/compilers/extras/qd/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export NO_STOP_MESSAGE=yes

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 10 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/VASP6/vasp.6.2.1_acc/bin/vasp_std > vasp.out 2> vasp.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のバージョンが利用可能です。

Wannier90をリンクしたVASP 6.1.1、VASP 6.1.2、VASP 6.2.1、VASP 6.3.0、VASP 6.3.2およびVASP 6.4.2も利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/VASP5/current/bin/vasp_gpu > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）並列計算・インフォマティクスサーバへの投入 (non-collinear版以外)

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N vasp

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/VASP4/current/vasp > vasp.out 2> vasp.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）並列計算・インフォマティクスサーバへの投入 (non-collinear版)

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N vasp

module switch intel intel/19.1.0

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/VASP5/current/bin/vasp_ncl > vasp.out 2> vasp.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のバージョンが利用可能です。

以下のコマンドを実行します。

mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile ホストファイル /usr/local/app/VASP4/current/vasp

例）

mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/VASP4/current/vasp