SIESTA

SIESTAを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ
• 並列計算・インフォマティクスサーバ
• 仮想サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/SIESTA/current/Obj/siesta < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N siesta

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/SIESTA/current/Obj/siesta < input.fdf > siesta.out 2> siesta.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のバージョンが利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）並列計算・インフォマティクスサーバへの投入

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N siesta

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta < input.fdf > siesta.out 2> siesta.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のバージョンが利用可能です。

以下のコマンドを実行します。

mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile ホストファイル /usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta < 入力ファイル > 出力ファイル

例）

mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta < input.fdf > siesta.out