SALMON
大規模並列計算サーバ
以下のバージョンが利用可能です。
バージョン | 実行モジュールのパス |
---|---|
1.2.1 | /work/app/SALMON/current |
2.0.0 | /work/app/SALMON/SALMON2-v.2.0.0 |
2.1.0 | /work/app/SALMON/SALMON2-v.2.1.0 |
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
#!/bin/sh #PBS -l select=ノード数 #PBS -q キュー名 #PBS -N ジョブ名 DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/SALMON/current/bin/salmon.cpu < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
例)
#!/bin/sh #PBS -l select=1 #PBS -q P_016 #PBS -N salmon DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/SALMON/current/bin/salmon.cpu < test.inp > salmon.out 2> salmon.err cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi