RSDFT

RSDFTを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

大規模並列計算サーバ

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

export MPICH_NO_BUFFER_ALIAS_CHECK=1
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/RSDFT/current/src/rsdft.x > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N rsdft

export MPICH_NO_BUFFER_ALIAS_CHECK=1
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 

aprun -n 16 -N 16 -j 1 /work/app/RSDFT/current/src/rsdft.x > rsdft.out 2> rsdft.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

並列数はfort.1のPROCSの値の積を指定します。
例)

$ grep PROCS fort.1
PROCS  2 2 4 1 1 1                / process partioning

→ 2*2*4*1*1*1=16 を指定

RSDFT

大規模並列計算サーバ