QuantumATK

QuantumATKを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -l atk=1 -l atkdp=並列数-1
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module load ccm
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun [ -n 並列数 ] [ -N ノードあたりの並列数 ] hostname | grep -v ^Applicati > hostfile
ccmrun /work/app/QuantumATK/バージョン/libexec/mpiexec.hydra -n 並列数 -f ./hostfile -genv I_MPI_FABRICS=shm:tcp /work/app/QuantumATK/バージョン/bin/atkpython 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）バージョン：2022.03

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -l atk=1 -l atkdp=35
#PBS -q P_016
#PBS -N atk

module load ccm
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun -n 36 -N 36 hostname | grep -v ^Applicati > hostfile
ccmrun /work/app/QuantumATK/QuantumATK-T-2022.03/libexec/mpiexec.hydra -n 36 -f ./hostfile -genv I_MPI_FABRICS=shm:tcp /work/app/QuantumATK/QuantumATK-T-2022.03/bin/atkpython input.py > atk.out 2> atk.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

オプション-l atk=1 -l atkdp=並列数-1の指定をしない場合、ジョブが正常に実行できません。

例）バージョン：2022.12-SP1(current)

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -l atk=1 -l atkdp=35
#PBS -q P_016
#PBS -N atk

module load ccm
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun -n 36 -N 36 hostname | grep -v ^Applicati > hostfile
ccmrun /work/app/QuantumATK/current/mpi/bin/mpiexec.hydra -n 36 -f ./hostfile -genv I_MPI_FABRICS=shm:tcp /work/app/QuantumATK/current/bin/atkpython input.py > atk.out 2> atk.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

オプション-l atk=1 -l atkdp=並列数-1の指定をしない場合、ジョブが正常に実行できません。