QUANTUM ESPRESSO

QUANTUM ESPRESSOを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。


大規模並列計算サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

バージョン 実行モジュールのパス
6.2.1 /work/app/QuantumESPRESSO/current
6.3 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-6.3
6.4.1 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-6.4.1
6.5 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-6.5
6.6 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-6.6
6.7 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-6.7
6.8 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-6.8
7.0 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-7.0
7.1 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-7.1
7.2 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-7.2
7.3 /work/app/QuantumESPRESSO/qe-7.3


ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。 

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/QuantumESPRESSO/current/bin/pw.x < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


例） 

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N espresso

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 

aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/QuantumESPRESSO/current/bin/pw.x < cluster4.in > qe.out 2> qe.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


アクセラレータサーバ

以下のバージョンが利用可能です。


バージョン 実行モジュールのパス 実行キュー
6.1
(gpu tag v1.0) 		/usr/local/app/QuantumESPRESSO/current A_004
6.4.1(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-6.4.1 A_004
6.5(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-6.5 A_004
6.6(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-6.6
*「pgi 20.4」「CUDA 10.1.243」へ切り替えてください 		A_004
6.7(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-6.7
*「pgi 20.4」「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください
*環境変数LD_LIBRARY_PATHに「/opt/intel/mkl/lib/intel64」を追加してください 		A_004
6.8(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-6.8
*「nvhpc 20.9」「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください
*環境変数 LD_LIBRARY_PATHに「/opt/intel/mkl/lib/intel64」を追加してください 		A_004
7.0(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-7.0
*「nvhpc 20.9」「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください
*環境変数 LD_LIBRARY_PATHに「/opt/intel/mkl/lib/intel64」を追加してください 		A_004
7.1(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-7.1
*「nvhpc 20.9」「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください
*環境変数 LD_LIBRARY_PATHに「/opt/intel/mkl/lib/intel64」を追加してください 		A_004
7.2(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-7.2
*「nvhpc 20.9」「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください
*環境変数 LD_LIBRARY_PATHに「/opt/intel/mkl/lib/intel64」を追加してください 		A_004
7.3(gpu) /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-7.3
*「cudatoolkit」をアンロードしてください
*「nvhpc 23.1」へ切り替えてください
*環境変数 LD_LIBRARY_PATHに「/opt/intel/mkl/lib/intel64」を追加してください
* mpirunに「--mca btl_smcuda_use_cuda_ipc 0」を指定してください 		A_004


アクセラレータサーバへのジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。 

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module switch intel PrgEnv-pgi/18.5

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ] [ -N ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/QuantumESPRESSO/current/bin/pw.x < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


例） 

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N espresso

module switch intel PrgEnv-pgi/18.5

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 10 -N 10 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/QuantumESPRESSO/current/bin/pw.x < cluster4.in > qe.out 2> qe.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


並列数は10までを指定可能です。

例) 6.7(gpu) 

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N espresso

module switch intel PrgEnv-pgi/20.4
module switch cudatoolkit cudatoolkit/10.2.89

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/lib/intel64

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 10 -N 10 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-6.7/bin/pw.x < cluster4.in > qe.out 2> qe.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


並列数は10までを指定可能です。

例) 7.2(gpu) 

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N espresso

module switch intel nvhpc/20.9
module switch cudatoolkit cudatoolkit/10.2.89

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/lib/intel64

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 10 -N 10 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-7.2/bin/pw.x < cluster4.in > qe.out 2> qe.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


並列数は10までを指定可能です。

例) 7.3(gpu) 

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N espresso

module unload cudatoolkit
module switch intel nvhpc/23.1

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/lib/intel64

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 10 -N 10 -hostfile $PBS_NODEFILE --mca btl_smcuda_use_cuda_ipc 0 /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-gpu-7.3/bin/pw.x < cluster4.in　> qe.out 2> pe.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


並列数は10までを指定可能です。

並列計算・インフォマティクスサーバ

以下のバージョンが利用可能です。

バージョン 実行モジュールのパス 実行キュー
6.2.1 /usr/local/app/QuantumESPRESSO/current C_002
C_004
6.4.1 /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-6.4.1 C_002
C_004


並列計算・インフォマティクスサーバへのジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。 

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/QuantumESPRESSO/current/bin/pw.x < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


例） 

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N espresso

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE   /usr/local/app/QuantumESPRESSO/current/bin/pw.x < cluster4.in > qe.out 2> qe.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi


仮想サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

バージョン 実行モジュールのパス
6.2.1 /usr/local/app/QuantumESPRESSO/current
6.4.1 /usr/local/app/QuantumESPRESSO/qe-6.4.1


以下のコマンドを実行します。 

mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile ホストファイル /usr/local/app/QuantumESPRESSO/current/bin/pw.x < 入力ファイル > 出力ファイル


例） 

	
mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/QuantumESPRESSO/current/bin/pw.x < cluster4.in > qe.out
  • application/quantum_espresso.txt
  • 最終更新: 2024/03/05 02:14
  • by ccms