LAMMPS

LAMMPSを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ
• アクセラレータサーバ
• 並列計算・インフォマティクスサーバ
• 仮想サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_omp  < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N lammps

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_omp < in.ij > lammps.out 2> lammps.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のバージョンが利用可能です。
*注：アクセラレータサーバにて7Aug19または3Mar2020を利用する場合は、モジュールを「CUDA10.1.243」へ切り替えてください。
*注：アクセラレータサーバにて29Oct20または29Sep21を利用する場合は、モジュールを「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください。
*注：アクセラレータサーバにて23Jun22を利用する場合は、モジュールを「CUDA 10.2.89」、「intel 21.5.0」、「gcc」へ切り替えてください。
*注：アクセラレータサーバにて2Aug23を利用する場合は、モジュールを「CUDA 11.6.2」「intel 22.3.1」「gcc」へ切り替えてください。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu ノードあたりの利用GPU数 < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）アクセラレータサーバへの投入

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N lammps

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 30 -ppn 30 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu 10 < in.ij > lammps.out 2> lammps.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）アクセラレータサーバへの投入(7 Aug 19)

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N lammps

module switch cudatoolkit/9.0.176 cudatoolkit/10.1.243

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 30 -ppn 30 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/LAMMPS/lammps-7Aug19/src/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu 10 < in.ij > lammps.out 2> lammps.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のバージョンが利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）並列計算・インフォマティクスサーバへの投入

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N lammps

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.ij > lammps.out 2> lammps.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のバージョンが利用可能です。

以下のコマンドを実行します。

mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile ホストファイル  /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  < 入力ファイル > 出力ファイル

例）

mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  < in.ij > lammps.out