HPhi

HPhiを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 

export OMP_NUM_THREADS=ノードあたりの並列数
aprun [ -n ノード数 ][ -d ノードあたりの並列数 ] -j 1 --cc depth /work/app/HPhi/current/build/src/HPhi -s 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N hphi

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 

export OMP_NUM_THREADS=36
aprun -n 1 -d 36 -j 1 --cc depth /work/app/HPhi/current/build/src/HPhi -s  stan.in > hphi.out 2> hphi.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi