CRYSTAL

CRYSTALを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ
• 並列計算・インフォマティクスサーバ
• 仮想サーバ

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module load intel
module load ccm
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

source /work/app/Crystal/current/utils17/cry17.bashrc
runmpi17 並列数 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N crystal

module load intel
module load ccm
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

source /work/app/Crystal/current/utils17/cry17.bashrc
runmpi17 36 test11 > crystal.out 2> crystal.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

source /usr/local/app/Crystal/current/utils17/cry17.bashrc
runmpi17 並列数 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）並列計算・インフォマティクスサーバへの投入

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N crystal

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

source /usr/local/app/Crystal/current/utils17/cry17.bashrc
runmpi17 36 test11 > crystal.out 2> crystal.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

以下のコマンドを実行します。

source /usr/local/app/Crystal/current/utils17/cry17.bashrc
runmpi17 並列数 入力ファイル

例）

source /usr/local/app/Crystal/current/utils17/cry17.bashrc
runmpi17 2 test11