CP2K

CP2Kを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 
export CP2K_DATA_DIR=/work/app/CP2K/current/data

aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/CP2K/current/exe/CRAY-XC50-cce/cp2k.popt 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N cp2k

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 
export CP2K_DATA_DIR=/work/app/CP2K/current/data

aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/CP2K/current/exe/CRAY-XC50-cce/cp2k.popt H2O-32.inp > cp2k.out 2> cp2k.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi