ALAMODE

ALAMODEを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module load intel
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/work/app/ALAMODE/current/spglib/install_dir/lib
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

export OMP_NUM_THREADS=並列数
aprun -d 並列数 -j 1 --cc depth /work/app/ALAMODE/current/anphon/anphon 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N alamode

module load intel
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/work/app/ALAMODE/current/spglib/\
install_dir/lib
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

export OMP_NUM_THREADS=36
aprun -d 36 -j 1 --cc depth /work/app/ALAMODE/current/anphon/anphon test.in > anphon.out 2> anphon.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

バージョン1.3.0および1.4.2のanphonではMPI+OpenMPの実行が可能です。

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module load intel
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/work/app/ALAMODE/current/spglib/install_dir/lib
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

export OMP_NUM_THREADS=並列数
aprun [-n 並列数] [-d 並列数][-N ノードあたりの並列数] -j 1 --cc depth /work/app/ALAMODE/alamode-1.3.0/anphon/anphon 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例)

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N alamode

module load intel
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/work/app/ALAMODE/current/spglib/install_dir/lib
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

export OMP_NUM_THREADS=9
aprun -n 4 -d 9 -N 4 -j 1 --cc depth /work/app/ALAMODE/alamode-1.3.0/anphon/anphon test.in > anphon.out 2> anphon.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi