ADF

ADFを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。

• 大規模並列計算サーバ

以下のバージョンが利用可能です。

ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。

・入力ファイルでの実行(バージョン：2017.113～2019.304)

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -l adf=並列数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module load adf/バージョン
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

adf -n 並列数 < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）2019.304

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -l adf=32
#PBS -q P_016
#PBS -N adf

module load adf/2019.304
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

adf -n 32 < in > adf.out 2> adf.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

並列数は64までを指定可能です。
オプション-l adf=並列数の指定をしない場合、ジョブが正常に実行できません。

・入力ファイルでの実行(バージョン：2020.101～2023.103)

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -l adf=並列数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module load adf
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

ams -n 並列数 < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）2023.103

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -l adf=32
#PBS -q P_016
#PBS -N adf

module load adf
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

ams -n 32 < in > adf.out 2> adf.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

並列数は64までを指定可能です。
オプション-l adf=並列数の指定をしない場合、ジョブが正常に実行できません。

・runスクリプトでの実行方法

#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -l adf=並列数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

module load adf
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

export NSCM=並列数
./runスクリプト > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

例）

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -l adf=32
#PBS -q P_016
#PBS -N adf

module load adf
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

export NSCM=32
./H2O_HF_freq.run > adf.out 2> adf.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi

並列数は64までを指定可能です。
オプション-l adf=並列数の指定をしない場合、ジョブが正常に実行できません。