ABINIT
大規模並列計算サーバ
以下のバージョンが利用可能です。
バージョン | 実行モジュールのパス |
---|---|
8.8.2 | /work/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit |
8.10.2 | /work/app/ABINIT/abinit-8.10.2/src/98_main/abinit |
8.10.3 | /work/app/ABINIT/abinit-8.10.3/src/98_main/abinit |
9.2.2 | /work/app/ABINIT/abinit-9.2.2/src/98_main/abinit |
9.4.2 | /work/app/ABINIT/abinit-9.4.2/src/98_main/abinit |
9.6.2 | /work/app/ABINIT/abinit-9.6.2/src/98_main/abinit |
9.8.2 | /work/app/ABINIT/abinit-9.8.2/src/98_main/abinit |
9.10.3 | /work/app/ABINIT/abinit-9.10.3/src/98_main/abinit |
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
#!/bin/sh #PBS -l select=ノード数 #PBS -q キュー名 #PBS -N ジョブ名 DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME aprun [ -n 並列数 ] [ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
例)
#!/bin/sh #PBS -l select=1 #PBS -q P_016 #PBS -N abinit DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < input.file > abinit.out 2> abinit.err cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
並列計算・インフォマティクスサーバ
以下のバージョンが利用可能です。
バージョン | 実行モジュールのパス | 実行キュー |
---|---|---|
8.8.2 | /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit | C_002 C_004 |
8.10.3 | /usr/local/app/ABINIT/abinit-8.10.3/src/98_main/abinit | C_002 C_004 |
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
#!/bin/sh #PBS -l select=ノード数 #PBS -q キュー名 #PBS -N ジョブ名 DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
例)並列計算・インフォマティクスサーバへの投入
#!/bin/sh #PBS -l select=1 #PBS -q C_002 #PBS -N abinit DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < input.files > abinit.out 2> abinit.err cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
仮想サーバ
以下のバージョンが利用可能です。
バージョン | 実行モジュールのパス |
---|---|
8.8.2 | /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit |
8.10.3 | /usr/local/app/ABINIT/abinit-8.10.3/src/98_main/abinit |
以下のコマンドを実行します。
mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile ホストファイル/usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < 入力ファイル
例)
mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < input.files