MPIジョブの実行方法
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説明 
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MPI 環境として、すべてのサーバでIntelMPI が利用可能です。また、XD670では、加えてnvhpc付属のOpenMPIが利用可能です。

書式(IntelMPI) 
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ジョブ実行にはmpirunコマンドを使用します。 

.. command-format::

   mpirun [ -np 並列数] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] 実行プログラム

.. attention::
 ※ジョブのパフォーマンスを高めるために以下が成り立つよう値を指定してください。 
 [MPI 並列数(-npの値)] = [ノード数(#PBS -l select=の値)] × [ノードあたりの並列数(-ppnの値)]

使用例
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.. code-block:: none

   #!/bin/bash 
   #PBS -l select=1 
   
   cd $PBS_O_WORKDIR

   module load oneapi 2> /dev/null
   mpirun -np 56 /work/app/ABINIT/abinit-10.2.7_cpu/bin/abinit < input.files > result.out 2> result.err


書式(OpenMPI)
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ジョブ実行にはmpirunコマンドを使用します。

.. command-format::

   mpirun [ -np 並列数] [ -N ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE -x LD_LIBRARY_PATH -x HCOLL_MAIN_IB=all 実行プログラム

.. attention::
 ※ジョブのパフォーマンスを高めるために以下が成り立つよう値を指定してください。 
 [MPI 並列数(-npの値)] = [ノード数(#PBS -l select=の値)] × [ノードあたりの並列数(-Nの値)]

使用例
----------------

.. code-block:: none

   #!/bin/bash 
   #PBS -l select=1:ncpus=4:ngpus=4
   
   cd $PBS_O_WORKDIR

   module load nvhpc > /dev/null
   mpirun -np 4 -N 4 -hostfile $PBS_NODEFILE -x LD_LIBRARY_PATH -x HCOLL_MAIN_IB=all /work/app/VASP6/vasp.6.5.1_gpu/bin/vasp_std > vasp.out 2> vasp.err