Python使用方法 ================================= Pythonの利用について ------------------------------------ 本システムでは、下記のスクリプトを実行することでユーザーの環境に pyenv をインストールすること ができます。pyenvではpythonのバージョン管理が可能です。詳細は本章をご確認ください。 前システムのpyenv環境の退避 ------------------------------------ 前システムでpyenv環境を利用されていた方は、古いpyenv環境の退避が必要です。 下記のコマンドで古い環境を退避してください。 .. code-block :: none mv ~/.pyenv-super ~/.pyenv-super.old mv ~/.pyenv-gpu ~/.pyenv-gpu.old pyenv環境の構築 ------------------------------------ 下記のコマンドを実行するとsuperおよびgpu上にpyenvがインストールされます。 .. code-block :: none bash /work/app/pyenv/pyenv-setup.bash 環境変数の設定 ------------------------------------ pyenvの環境変数ファイルは/work/app/pyenv/bash_envに配置されています。 pyenv環境をデフォルトで読み込む場合は、下記のコマンドを実行してください。 .. code-block :: none echo "source /work/app/pyenv/bash_env" >> ~/.bash_profile 動作確認 ------------------------------------ インストール後にフロントエンドノードから一度ログアウトし、再度ログイン後、下記のコマンドを実行します。 .. code-block :: none pyenv --version pyenv 1.2.8-5-gec9fb549 ←バージョンは異なる場合があります。 基本的な使い方 ------------------------------------ ・Python のインストール .. code-block :: none pyenv install --list ← 利用可能なPythonのバージョンを表示 ・・・・ pyenv install 3.7.8 ← Python 3.7.8 をインストールする場合 ・Python のバージョン切り替え .. code-block :: none pyenv versions ← インストールされているバージョンの確認 * system (set by /home/userA/.pyenv/version) 3.7.8 pyenv global 3.7.8 ← Python 3.7.8 に切り替え python --version pyenv でインストールしたPythonでは、pipを用いてパッケージの追加も可能です。 より詳細な使用方法については、pyenvのドキュメント等をご確認ください。 `Simple Python version management `_ 実行方法 ------------------------------------ 負荷の高いPythonプログラムは、フロントエンドノードではなく計算ノード上で実行してください。 ・インタラクティブモードでの実行例 .. code-block :: none userA@gpu2:~> qsub -I -q IP_001 qsub: waiting for job 70568.gpu1 to start qsub: job 70568.gpu1 ready -bash-4.2$ python Python 3.7.8 (default, Mar 25 2021, 09:54:46) [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> ジョブとして投入して実行することも可能です。 ・ジョブスクリプト例 .. code-block :: none #!/bin/sh #PBS -l select=1 #PBS -q CA_001 #PBS -N sample cd $PBS_O_WORKDIR python program.py