====== SIESTA ======
SIESTAを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。
* [[application:siesta#大規模並列計算サーバ|大規模並列計算サーバ]]
* [[application:siesta#並列計算・インフォマティクスサーバ|並列計算・インフォマティクスサーバ]]
* [[application:siesta#仮想サーバ|仮想サーバ]]
\\
===== 大規模並列計算サーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。\\
^バージョン ^実行モジュールのパス ^
|4.0 |/work/app/SIESTA/current/Obj/siesta |
|4.1.5 |/work/app/SIESTA/siesta-4.1.5/Obj/siesta |
\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。\\
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME
aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/SIESTA/current/Obj/siesta < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル
cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
\\
例)
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N siesta
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME
aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/SIESTA/current/Obj/siesta < input.fdf > siesta.out 2> siesta.err
cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
\\
===== 並列計算・インフォマティクスサーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。\\
^バージョン ^実行モジュールのパス ^実行キュー ^
|4.0 |/usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta |C_002\\ C_004 |
|4.1.5 |/usr/local/app/SIESTA/siesta-4.1.5/Obj/siesta |C_002\\ C_004 |
\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME
mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル
cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
\\
例)並列計算・インフォマティクスサーバへの投入
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N siesta
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME
mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta < input.fdf > siesta.out 2> siesta.err
cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
\\
===== 仮想サーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。\\
^バージョン ^実行モジュールのパス ^
|4.0 |/usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta |
|4.1.5 |/usr/local/app/SIESTA/siesta-4.1.5/Obj/siesta |
\\
以下のコマンドを実行します。
mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile ホストファイル /usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta < 入力ファイル > 出力ファイル
\\
例)
mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/SIESTA/current/Obj/siesta < input.fdf > siesta.out