====== SALMON ======
SALMONを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。
  * [[application:salmon#大規模並列計算サーバ|大規模並列計算サーバ]]
\\

===== 大規模並列計算サーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。
^バージョン  ^実行モジュールのパス  ^
|1.2.1  |/work/app/SALMON/current  |
|2.0.0  |/work/app/SALMON/SALMON2-v.2.0.0  |
|2.1.0  |/work/app/SALMON/SALMON2-v.2.1.0  |

\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 

aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/SALMON/current/bin/salmon.cpu < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
例）
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N salmon

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 

aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/SALMON/current/bin/salmon.cpu < test.inp > salmon.out 2> salmon.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>