====== QuantumATK ====== QuantumATKを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。 * [[application:quantumatk#大規模並列計算サーバ|大規模並列計算サーバ]] \\ ===== 大規模並列計算サーバ ===== 以下のバージョンが利用可能です。 ^バージョン ^パス ^ |2019.03 |/work/app/QuantumATK/QuantumATK-P-2019.03/bin/atkpython | |2019.12 |/work/app/QuantumATK/QuantumATK-Q-2019.12/bin/atkpython | |2020.09 |/work/app/QuantumATK/QuantumATK-R-2020.09/bin/atkpython | |2021.06 |/work/app/QuantumATK/QuantumATK-S-2021.06/bin/atkpython | |2021.06-SP2 |/work/app/QuantumATK/QuantumATK-S-2021.06-SP2/bin/atkpython | |2022.03 |/work/app/QuantumATK/QuantumATK-T-2022.03/bin/atkpython | |2022.12-SP1 |/work/app/QuantumATK/current/bin/atkpython | \\ ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。\\ #!/bin/sh #PBS -l select=ノード数 #PBS -l atk=1 -l atkdp=並列数-1 #PBS -q キュー名 #PBS -N ジョブ名 module load ccm DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME aprun [ -n 並列数 ] [ -N ノードあたりの並列数 ] hostname | grep -v ^Applicati > hostfile ccmrun /work/app/QuantumATK/バージョン/libexec/mpiexec.hydra -n 並列数 -f ./hostfile -genv I_MPI_FABRICS=shm:tcp /work/app/QuantumATK/バージョン/bin/atkpython 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi \\ 例)バージョン:2022.03 #!/bin/sh #PBS -l select=1 #PBS -l atk=1 -l atkdp=35 #PBS -q P_016 #PBS -N atk module load ccm DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME aprun -n 36 -N 36 hostname | grep -v ^Applicati > hostfile ccmrun /work/app/QuantumATK/QuantumATK-T-2022.03/libexec/mpiexec.hydra -n 36 -f ./hostfile -genv I_MPI_FABRICS=shm:tcp /work/app/QuantumATK/QuantumATK-T-2022.03/bin/atkpython input.py > atk.out 2> atk.err cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi \\ オプション-l atk=1 -l atkdp=並列数-1の指定をしない場合、ジョブが正常に実行できません。\\ \\ 例)バージョン:2022.12-SP1(current) #!/bin/sh #PBS -l select=1 #PBS -l atk=1 -l atkdp=35 #PBS -q P_016 #PBS -N atk module load ccm DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR` WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID mkdir -p $WORKDIR cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR cd $WORKDIR/$DIRNAME aprun -n 36 -N 36 hostname | grep -v ^Applicati > hostfile ccmrun /work/app/QuantumATK/current/mpi/bin/mpiexec.hydra -n 36 -f ./hostfile -genv I_MPI_FABRICS=shm:tcp /work/app/QuantumATK/current/bin/atkpython input.py > atk.out 2> atk.err cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi \\ オプション-l atk=1 -l atkdp=並列数-1の指定をしない場合、ジョブが正常に実行できません。