====== LAMMPS ======
LAMMPSを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。
  * [[application:lammps#大規模並列計算サーバ|大規模並列計算サーバ]]
  * [[application:lammps#アクセラレータサーバ|アクセラレータサーバ]]
  * [[application:lammps#並列計算・インフォマティクスサーバ|並列計算・インフォマティクスサーバ]]
  * [[application:lammps#仮想サーバ|仮想サーバ]]
\\
===== 大規模並列計算サーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。\\
^バージョン  ^実行モジュールのパス  ^
|31 Mar 17  |/work/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_omp  |
|22 Aug 18  |/work/app/LAMMPS/lammps-22Aug18/src/lmp_intel_omp  | 
|12 Dec 18  |/work/app/LAMMPS/lammps-12Dec18/src/lmp_intel_omp  |
|5 Jun 19  |/work/app/LAMMPS/lammps-5Jun19/src/lmp_intel_omp  |
|7 Aug 19  |/work/app/LAMMPS/lammps-7Aug19/src/lmp_intel_omp  |
|3 Mar 20  |/work/app/LAMMPS/lammps-3Mar20/src/lmp_intel_omp  |
|29 Oct 20  |/work/app/LAMMPS/lammps-29Oct20/src/lmp_intel_omp  |
|29 Sep 21  |/work/app/LAMMPS/lammps-29Sep21/src/lmp_intel_omp  |
|23 Jun 22  |/work/app/LAMMPS/lammps-23Jun22/src/lmp_intel_omp  |
|2 Aug 23  |/work/app/LAMMPS/lammps-2Aug23/src/lmp_intel_omp  |

\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun [ -n 並列数 ][ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_omp  < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
例）
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N lammps

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_omp < in.ij > lammps.out 2> lammps.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
===== アクセラレータサーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。\\
<color red>
*注：アクセラレータサーバにて7Aug19または3Mar2020を利用する場合は、モジュールを「CUDA10.1.243」へ切り替えてください。\\
*注：アクセラレータサーバにて29Oct20または29Sep21を利用する場合は、モジュールを「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください。\\
*注：アクセラレータサーバにて23Jun22を利用する場合は、モジュールを「CUDA 10.2.89」、「intel 21.5.0」、「gcc」へ切り替えてください。\\
*注：アクセラレータサーバにて2Aug23を利用する場合は、モジュールを「CUDA 11.6.2」「intel 22.3.1」「gcc」へ切り替えてください。
</color>
\\
^バージョン  ^実行モジュールのパス  ^実行キュー  ^
|31 Mar 17  |/usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_gpu  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|12 Dec 18  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-12Dec18/src/lmp_gpu   |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|5 Jun 19  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-5Jun19/src/lmp_gpu  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|5 Jun 19 -DFFT_SINGLE OFF  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-5Jun19_wo_single/src/lmp_gpu  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|7 Aug 19  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-7Aug19/src/lmp_gpu\\ <color red>*「CUDA 10.1.243」へ切り替えてください</color>  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|3 Mar 20  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-3Mar20/src/lmp_gpu\\ <color red>*「CUDA 10.1.243」へ切り替えてください</color>  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|29 Oct 20  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-29Oct20/src/lmp_gpu\\ <color red>*「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください</color>  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|29 Sep 21  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-29Sep21/src/lmp_gpu\\ <color red>*「CUDA 10.2.89」へ切り替えてください</color>  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|23 Jun 22  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-23Jun22/src/lmp_gpu\\ <color red>*「CUDA 10.2.89」、「intel 21.5.0」、「gcc」へ切り替えてください</color>  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
|2 Aug 23  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-2Aug23/src/lmp_gpu\\ <color red>*「CUDA 11.6.2」、「intel 22.3.1」、「gcc」へ切り替えてください</color>  |A_004\\ CA_001\\ CA_001g  |
\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu ノードあたりの利用GPU数 < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
例）アクセラレータサーバへの投入
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N lammps

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 30 -ppn 30 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu 10 < in.ij > lammps.out 2> lammps.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
例）アクセラレータサーバへの投入(7 Aug 19)
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q A_004
#PBS -N lammps

module switch cudatoolkit/9.0.176 cudatoolkit/10.1.243

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 30 -ppn 30 -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/LAMMPS/lammps-7Aug19/src/lmp_gpu -sf gpu -pk gpu 10 < in.ij > lammps.out 2> lammps.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
===== 並列計算・インフォマティクスサーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。
^バージョン  ^実行モジュールのパス  ^実行キュー  ^
|31 Mar 17  |/usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  |C_002\\ C_004  |
|5 Jun 19  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-5Jun19/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  |C_002\\ C_004  |

\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ] [ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
例）並列計算・インフォマティクスサーバへの投入
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N lammps

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.ij > lammps.out 2> lammps.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
===== 仮想サーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。
^バージョン  ^実行モジュールのパス  ^
|31 Mar 17  |/usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  |
|5 Jun 19  |/usr/local/app/LAMMPS/lammps-5Jun19/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  |

\\
以下のコマンドを実行します。
<code>
mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile ホストファイル  /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  < 入力ファイル > 出力ファイル
</code>
\\
例）
<code>
mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/LAMMPS/current/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  < in.ij > lammps.out
</code>