====== Elk ======
Elkを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。
* [[application:elk#大規模並列計算サーバ|大規模並列計算サーバ]]
\\
===== 大規模並列計算サーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。
^バージョン ^実行モジュールのパス ^
|6.3.2 |/work/app/Elk/current/src/elk |
|6.8.4 |/work/app/Elk/elk-6.8.4/src/elk |
|7.2.42 |/work/app/Elk/elk-7.2.42/src/elk |
|8.7.6 |/work/app/Elk/elk-8.7.6/src/elk |
\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME
module load intel
export OMP_NUM_THREADS=ノードあたりの並列数
aprun [ -n ノード数 ][ -d ノードあたりの並列数 ] -j 1 --cc depth /work/app/Elk/current/src/elk > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル
cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
\\
例)
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N elk
DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME
module load intel
export OMP_NUM_THREADS=36
aprun -n 1 -d 36 -j 1 --cc depth /work/app/Elk/current/src/elk > elk.out 2> elk.err
cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi