====== ABINIT ======
ABINITを使用可能な計算機サーバは以下の通りです。
  * [[application:abinit#大規模並列計算サーバ|大規模並列計算サーバ]]
  * [[application:abinit#並列計算・インフォマティクスサーバ|並列計算・インフォマティクスサーバ]]
  * [[application:abinit#仮想サーバ|仮想サーバ]]
\\
===== 大規模並列計算サーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。\\
^バージョン  ^実行モジュールのパス  ^
|8.8.2  |/work/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit  |
|8.10.2	 |/work/app/ABINIT/abinit-8.10.2/src/98_main/abinit  |
|8.10.3	 |/work/app/ABINIT/abinit-8.10.3/src/98_main/abinit  |
|9.2.2  |/work/app/ABINIT/abinit-9.2.2/src/98_main/abinit  |
|9.4.2  |/work/app/ABINIT/abinit-9.4.2/src/98_main/abinit  |
|9.6.2  |/work/app/ABINIT/abinit-9.6.2/src/98_main/abinit  |
|9.8.2  |/work/app/ABINIT/abinit-9.8.2/src/98_main/abinit  |
|9.10.3  |/work/app/ABINIT/abinit-9.10.3/src/98_main/abinit  |
\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

aprun [ -n 並列数 ] [ -N ノードあたりの並列数 ] -j 1 /work/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
例）
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q P_016
#PBS -N abinit

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME 

aprun -n 36 -N 36 -j 1 /work/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < input.file > abinit.out 2> abinit.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
===== 並列計算・インフォマティクスサーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。
^バージョン  ^実行モジュールのパス  ^実行キュー  ^
|8.8.2  |/usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit  |C_002\\ C_004  |
|8.10.3  |/usr/local/app/ABINIT/abinit-8.10.3/src/98_main/abinit  |C_002\\ C_004  |

\\
ジョブ投入用のスクリプトは以下の通りです。
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=ノード数
#PBS -q キュー名
#PBS -N ジョブ名

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < 入力ファイル > 出力ファイル 2> エラー出力ファイル

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
例）並列計算・インフォマティクスサーバへの投入
<code>
#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N abinit

DIRNAME=`basename $PBS_O_WORKDIR`
WORKDIR=/work/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p $WORKDIR
cp -raf  $PBS_O_WORKDIR $WORKDIR
cd $WORKDIR/$DIRNAME

mpirun -np 36 -ppn 36 -hostfile $PBS_NODEFILE  /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < input.files > abinit.out 2> abinit.err

cd; if cp -raf $WORKDIR/$DIRNAME $PBS_O_WORKDIR/.. ; then rm -rf $WORKDIR; fi
</code>
\\
===== 仮想サーバ =====
以下のバージョンが利用可能です。
^バージョン  ^実行モジュールのパス  ^
|8.8.2  |/usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit  |
|8.10.3  |/usr/local/app/ABINIT/abinit-8.10.3/src/98_main/abinit  |

\\
以下のコマンドを実行します。
<code>
mpirun [ -np 並列数 ][ -ppn ノードあたりの並列数 ] -hostfile ホストファイル/usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < 入力ファイル
</code>
\\
例)
<code>
mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < input.files
</code>